A construção da Embraer estava divida em duas fábricas de área semelhante, estruturas em compósitos e estruturas em metálicos. A fábrica de estruturas em compósitos tem a finalidade da construção de peças de menor dimensão executadas em materiais compostos, nomeadamente os triângulos das asas da parte posterior dos aviões da Embraer. A fábrica de estruturas em metálicos tem a finalidade da construção das asas dos aviões. Esta característica muda o modo de funcionamento de cada uma das fábricas. Na fábrica dos metálicos, por os materiais serem de maior dimensão e mais pesados, implica que estes sejam transportados por pontes rolantes. Esta fábrica tem mais de 20 pontes.